O Programa de Pós-Graduação em Educação em Ciências e Matemática (PPGEDUCEM) teve sua origem em um grupo de docentes e pesquisadores dos cursos de Biociências, Física, Pedagogia, Matemática e Química. Esse grupo contava com experiências em vários projetos de pesquisa e de desenvolvimento, financiados por importantes agências de fomento, tais como Banco Mundial, Fundação Kellog, CNPq, Capes, Finep e Fapergs, entre outros.
A partir da criação do Comitê de Ensino de Ciências e Matemática, na Capes (área 46), esses docentes viram a possibilidade de criar um mestrado interdisciplinar, fato que ocorreu sob a coordenação do professor doutor Roque Moraes. Assim, o PPGEDUCEM foi criado em 2001 e iniciou suas atividades em março de 2002, a partir de parecer favorável da Câmara de Pesquisa e Pós-Graduação, de 27 de abril de 2001, e do parecer favorável da Capes, em 17 de dezembro de 2001. Inicialmente foi oferecido o curso de Mestrado Profissional em Educação em Ciências e Matemática. Após um ano, por sugestão da própria Capes, foi transformado em acadêmico, sua atual configuração.
Em 2012, foi recomendado pela Capes o curso de Doutorado em Educação em Ciências e Matemática (conceito 5), com início das atividades em agosto do mesmo ano.
O objetivo do PPGEDUCEM é formar pesquisadores na área de Ensino (área 46 da Capes), em particular, em Educação em Ciências e Matemática, com destaque para a interdisciplinaridade, a pesquisa como princípio pedagógico, práticas docentes inovadoras na educação básica e no ensino superior.
O PPGEDUCEM propõe-se a formar docentes pesquisadores, em nível de Mestrado e Doutorado, capazes de produzirem:
O curso de Mestrado tem a duração máxima de 30 meses, sendo necessário para a sua conclusão a defesa de dissertação; o curso de Doutorado tem a duração máxima de 54 meses, sendo necessária a defesa de tese que represente uma contribuição original para a área de Ensino, de modo especial, no âmbito de Ciências e da Matemática.