O Projeto PRÓ-MATA foi desenvolvido pela PUCRS com o intuito de estabelecer uma área de conservação voltada para o ensino, a pesquisa e a conservação ambiental. A iniciativa teve a parceria da Universidade de Tübingen, da Alemanha, com a qual a PUCRS possui um convênio de cooperação desde 1983.
A pedido da Reitoria, o Prof. Dr. Jeter Jorge Bertoletti, então Diretor do Museu de Ciências e Tecnologia, assumiu a responsabilidade de elaborar o Projeto, que foi concluído em 1991 com o apoio do Prof. Dr. Dieter Wittmann, da Universidade de Tübingen.
Após aprovada a concepção inicial do projeto, passou-se à fase de exaustivas buscas de áreas e recursos financeiros, efetivadas pelo então Reitor Ir. Norberto Francisco Rauch e pelo Dr. Jeter Jorge Bertoletti. Em abril de 1993, utilizando recursos próprios complementados por significativa doação da empresa STIHL, foram adquiridas diversas propriedades contíguas, num total de aproximadamente 2.400 ha. Um adicional de área de 700 ha encontra-se em processo de reivindicação por usucapião, totalizando aproximadamente 3.100 ha de áreas destinadas à conservação do bioma Mata Atlântica.
A área escolhida situa-se no Município de São Francisco de Paula e está recoberta, na sua maior parte, por florestas primárias e secundárias e também por trechos com campos nativos bem preservados.
O projeto passou então para a fase de detalhamento, especialmente no aspecto de infraestrutura, com a elaboração dos projetos de obras civis. Com o apoio da Administração do Município de São Francisco de Paula, através dos ex-prefeitos Décio Colla e Moacir Castelo Branco de Albuquerque, abriram-se estradas e melhoraram-se acessos em mais de 20 km de extensão. Em 5 de outubro de 1994 foi realizada a solenidade de lançamento da pedra fundamental da sede, em local com magnífica vista da planície costeira, entre as lagoas Itapeva e Quadros.
Entre 1994 e 1996 foi construída uma sede com 900 m², com alojamentos, laboratórios, refeitórios e estruturas de apoio. Em abril de 1996, a área foi oficialmente inaugurada pelo então Reitor da PUCRS, Ir. Norberto Francisco Rauch.
Em 2011, foi criado o Plano de Manejo do Pró-Mata, documento elaborado a partir de diversos estudos, incluindo diagnósticos do meio físico, biológico e social. Em 2018, com apoio da Fundação Boticário, deu-se início ao processo de transformação da área em Reserva Particular do Patrimônio Natural (RPPN) pelo Instituto Chico Mendes de Conservação da Biodiversidade (ICMBio). A RPPN é uma categoria criada pela iniciativa de proprietários rurais, que tem como principal característica a conservação da diversidade biológica, garantindo ao proprietário a titularidade do imóvel. Trata-se de uma unidade de conservação (UC) de domínio privado, gravada com perpetuidade na matrícula do imóvel, com o objetivo de conservar a diversidade biológica. Isso significa que um dos principais motivos é o interesse do proprietário em conservar em caráter perpétuo os ambientes naturais existentes em sua propriedade. O processo foi concluído em setembro de 2019, com a publicação no Diário Oficial da União.
Projeto Pró-Mata concebido pela PUCRS com o apoio da universidade de Tübingen
Aquisição dos imóveis com utilização de recursos próprios complementados por significativa contribuição da STIHL
Lançamento da pedra fundamental da sede
Inauguração CPCN Pró-Mata
Finalização do plano de manejo do Pró-Mata
Criação da Reserva Particular do Patrimônio Natural - Pró-Mata/ PUCRS