O Plano de Manejo do CPCN Pró-Mata é o documento de planejamento que estabelece sistematicamente o conjunto de ações a serem desenvolvidas para que os objetivos propostos sejam alcançados, estando embasado tanto no conhecimento dos elementos que conformam o espaço territorial, como na interpretação da interação destes elementos.
O conhecimento dos seus ecossistemas, os processos naturais e as intervenções humanas que os influenciam ou os definem, a análise dos aspectos pretéritos e os impactos atuais ou futuros foram fundamentais para que se elaborassem meios para conciliar o uso dos espaços com os objetivos do Pró-Mata.
Assim, o Plano de Manejo envolve o conjunto de ações necessárias para a gestão e uso sustentável dos recursos naturais no interior e em áreas do seu entorno, de modo a conciliar, de maneira adequada e em espaços apropriados, os diferentes tipos de usos com a conservação da biodiversidade.