O IGG foi criado em 27 de novembro de 1973, por meio de um intercâmbio médico-científico entre os governos do Brasil e do Japão, via Japan International Cooperation Agency (Jica). O lançamento oficial ocorreu em 1º de dezembro de 1975. Este foi o primeiro projeto de cooperação estabelecido pela Jica para a América Latina. Em 2018, a PUCRS recebeu da Câmara Municipal de Porto Alegre o Diploma de Honra ao Mérito em função do trabalho realizado pelo Instituto.