O CeMBE compreende dois prédios entre o campus universitário e o do Hospital São Lucas (HSL): Prédio 14 e Prédio 65. A divisão física visa uma maior biossegurança tanto para os animais em idades iniciais quanto para os animais já destinados a pesquisa.
O prédio 65 contém a produção de murinos, contando com sistemas de barreiras de biossegurança a fim de manter o padrão SPF dos animais. O local também conta com o Laboratório de Diagnóstico e Controle da Qualidade, onde é realizado o monitoramento sanitário e controle ambiental do CeMBE.
O prédio 14 contém a produção de zebrafish, além dos animais destinados a pesquisa. O local também disponibiliza salas de procedimentos e locais para a realização dos cursos. A sala de procedimentos e o alojamento Nível de Biossegurança 2 (NB2) estão presentes nesse prédio.
